PERIODE 1996 – 1997
Pengasuh :Drs. Akhsin Afandi, MA.
Bidang Akademik :Drs. Hajar Dewantoro
Bidang Rumah Tangga :Muhammad Syamsudin, SH
PERIODE 1997 -1998

Pada periode ini Pondok Pesantren UII diasuh oleh Dewan Pengasuh yang terdiri dari 7 orang :

Ketua Pengasuh :Ir. Harsoyo, M.Sc,
Anggota :H. Aunur Rahim Faqih, SH., M.Hum
:Drs. Muslikh KS
:Drs. Imam Mujiono M.Ag
:Drs. Mudzaffar MA.
:Drs. Fajar Hidayanto
:Drs. Hujair AH. Sanaky
:Muhammad Syamsudin, SH
PERIODE 1998 -1999

Pada periode ini Pondok Pesantren UII diasuh oleh satu orang pengasuh dan satu orang administrator

Pengasuh :KH. Muhammad Abdullah, Lc.
Administrator :Taufiq Hidayat
Bagian Umum :Jumakir
PERIODE 1999 – 2002
Pengasuh :KH. Tamyiz Mukharram, MA.
Administrator :Taufiq Hidayat
Bagian Umum :Jumakir
PERIODE 2002 – 2004
Pengasuh :KH. Mohammad Hasyim, SH., M.Hum.
Administrator :Ichwan S.Ag.
Bagian Umum :Jumakir
PERIODE 2005 – 2006
Pengasuh I : Imam Haryadi
Pengasuh II : Ust.Muhammad Roy, MA
Administrator : Ichwan S.Ag.
Bagian Umum :Jumakir

 

PERIODE 2006 – 2012
Pengasuh :Ust.Muhammad Roy, MA
Administrator :Willi Ashadi
Bagian Umum :Jumakir

 

PERIODE 2012 – 2014
Pengasuh :Ust. Willi Ashadi, S.Ag
Administrator :Ust. Willi Ashadi, S.Ag
Bagian Umum :Jumakir

 

PERIODE 2014 – 2016

Pengasuh Drs. H. Mudzoffar Akhwan, MA
Administrator :Ust. Willi Ashadi, S.Ag

 

PERIODE 2016 Р Sekarang

Pengasuh  Ust. Suyanto, M.SI, M.Pd
Administrator Ust. Muhammad Anas, S.Pd.I